Состояние живого существа выражающее его зависимость от: Состояние живого существа, выражающее его зависимость от того, что составляет условия его

В случае наборов генов Hypo-Variable, картированных с помощью зондов, все три типа тканей были обогащены катаболизмом и метаболизмом белков, рибонуклеопротеидными комплексами и негативной регуляцией аутофагии.В этом отношении многие из общих генов Hypo-Variable можно рассматривать как гены домашнего хозяйства. Набор генов с картированным зондом Hypo-Variable молочной железы был обогащен для транспорта везикул Гольджи, метаболизма нуклеозидов и катаболизма белков. Набор генов с картированным зондом Hypo-Variable мозжечка был обогащен для изменения конформации ДНК, зависимого от модификации катаболизма макромолекул и ретроградного транспорта.

Повышение эссенциальности вариабельных генов

Предыдущие исследования дрожжей показали, что вариабельность экспрессии генов снижена в генах, которые необходимы для выживания.Считается, что эволюция выбрала транскрипционные сети, которые ограничивают стохастическую вариацию экспрессии основных генов [12]. Если бы это было верно для людей, мы бы ожидали, что значительное количество важных генов будет демонстрировать гипопеременную экспрессию и истощение основных генов в наборах гипервариабельных зондов.

Чтобы изучить потенциальную корреляцию между вариабельностью экспрессии и существенностью в тканях человека, мы сначала проверили независимость между классификацией EV и аннотацией существенности для человека (Таблица 4).Аннотации существенности были получены из баз данных CCDS [28] и MGD [29]. Здесь прямые человеческие ортологи генов, необходимых для пренатального, перинатального или постнатального выживания мышей, были классифицированы как важные. Используя критерий хи-квадрат Пирсона с использованием функции chisq.test [30] в R для количества основных генов в каждом наборе зондов (дополнительный файл 4), мы обнаруживаем, что набор генов, картированных с помощью зонда Hypo-Variable в груди, мозжечок и ткани лобной коры были значительно обогащены генами с аннотацией существенности.Таким образом, вариабельность экспрессии многих основных генов у человека ограничена, что, вероятно, отражает сходную биологию с основными генами дрожжей. Однако мы неожиданно наблюдаем значительное обогащение основных генов в наборах генов с гипервариабельной картированием зондов.

Чтобы лучше понять последствия высокой вариабельности основных генов, мы исследовали функциональные аннотации, связанные с -Переменные основные гены (таблица 5 и дополнительный файл 5).Гипервариабельный набор генов, картированных с помощью зондов, был обогащен для развития хордовых эмбрионов, клеточного ответа на стимул фактора роста, процесса апоптоза мезенхимальных клеток, биосинтеза карбоновых кислот и сборки соединения клетка-субстрат. Набор основных гипервариабельных генов мозжечка с картированными зондами был обогащен для регуляции развития клеток, миграции эпителиальных клеток, положительной регуляции пролиферации клеток, клеточного ответа на стимул фактора роста и антероградной транс-синаптической передачи сигналов.Наконец, набор важных гипервариабельных генов лобной коры, картированный с помощью зондов, был обогащен для позитивной регуляции клеточной дифференцировки, пути передачи сигналов трансмембранной рецепторной протеинтирозинкиназы, миграции эпителиальных клеток, регуляции организации актинового цитоскелета и регуляции активности липазы. В целом, наборы основных генов с картированными зондами Hyper-Variable имели тенденцию быть обогащенными для развития морфогенной, тканевой и органной систем.

Метилирование ДНК и изменчивость экспрессии

Один фактор, который, как предполагается, регулирует ЭВ метилирование ДНК.Хотя взаимосвязь между метилированием и экспрессией генов сложна, низкое метилирование промотора связано с высокими уровнями экспрессии генов [31,32,33,34]. Как и экспрессия генов, метилирование ДНК сильно варьирует на уровне клеток, тканей и индивидуумов [35], предполагая, что EV может быть результатом вариаций в метилировании генов. Чтобы изучить эту идею, мы использовали аннотации метилирования ДНК, которые были доступны в 724 из 911 образцов ткани мозга.

Метилирование ДНК в сайтах CpG считается бимодальным, что означает, что ген либо гипометилирован, либо гиперметилирован [34].Чтобы различать состояния низкого, среднего и высокого метилирования в наших образцах, мы смоделировали метилирование гена с использованием моделей смеси Гаусса для среднего метилирования для каждого гена. Распределение метилирования генов как в мозжечке, так и в ткани лобной коры лучше всего было смоделировано как трехкомпонентная система. Первый компонент был гауссовой смесью субпопуляции, в то время как второй и третий компоненты были смоделированы как отдельные гауссовы распределения. Гены, метилирование которых соответствует первому компоненту, были классифицированы как неметилированные гены.Гены были классифицированы как средометилированные для тех, кто во втором компоненте, и как высокометилированные, если они были в третьем. Распределение метилирования среди генов преимущественно бимодальное, и только меньшая часть генов является средним метилированным (рис. 5a). Напротив, более 62% генов мозжечка неметилированы и 23% сильно метилированы. Точно так же 58% генов лобной коры неметилированы, а 22% сильно метилированы).

Метилирование в ткани мозжечка и лобной коры головного мозга человека.( A ) Функция оценки плотности ядра среднего метилирования гена. Модели гауссовой смеси были использованы для классификации генов на неметилированные, средне- и высокометилированные кластеры. ( B ) Функция оценки плотности ядра среднего метилирования гена по классификации EV. Пунктирные вертикальные линии представляют отсечки кластеров состояний метилирования, генерируемые гауссовой смесью, моделирующей

. Затем мы исследовали корреляцию между метилированием и экспрессией на основе EV.Когда мы подразделяем распределение метилирования на классификацию EV (рис. 5b), мы видим, что гены с гиповариабельными генами имеют явно иной паттерн метилирования, чем гены с гипер- или неизменяемыми генами, поскольку гены с гиповариабельными формами явно чрезмерно представлены в неметилированных генах. группу генов по сравнению с генами Hyper-Variable и Non-Variable.

Для дальнейшего количественного определения чрезмерной представленности генов гиповариабельности в группе неметилированных генов, мы провели критерий хи-квадрат независимости между кластерами состояния метилирования и классификациями EV (таблица 6 и дополнительный файл 4).Ткани мозжечка и лобной коры продемонстрировали значительную взаимосвязь между кластерами метилирования и классификациями EV ( p = 7,57 × 10 ^{— 36} и p = 1,58 × 10 ^{— 59} , соответственно). Изучая стандартизованные остатки критерия независимости хи-квадрат, мы количественно подтвердили обогащение неметилированных генов в наборе генов с картированным зондом Hypo-Variable. Мы также наблюдаем значительное обогащение высокометилированных генов в наборе неизменяемых генов, а также обогащение средних метилированных генов в наборе генов с гипервариабельным картированием зонда.Это указывает на корреляцию между метилированием и классификацией EV.

Влияние возраста, пола и PMI на изменчивость

Чтобы лучше понять биологическую значимость ЭВ, мы сосредоточились на генах гипервариабелей, чтобы определить потенциальные механизмы снижения ограничений на экспрессию генов в выборках.Мы систематически анализировали экспрессию как функцию пола, возраста и посмертного интервала (PMI). В наборе данных о ткани молочной железы отсутствовали эти клинические аннотации, и поэтому он был исключен из этого анализа. Мы использовали зондовый линейный регрессионный анализ для моделирования взаимосвязи между экспрессией гипервариабельного зонда и возрастом, полом и PMI. Полученные p-значения были скорректированы для множественных сравнений с использованием процедуры Бенджамини-Хохберга и считались значимыми, когда скорректированное значение p было меньше 0.01. Общее количество зондов Hyper-Variable с указанием пола, PMI или возраста вместе показано в таблице 7.

PMI может быть источником очевидной вариабельности экспрессии, поскольку расширенный PMI может нарушить целостность РНК образца и привести к деградации лабильной РНК [36]. В образцах головного мозга время PMI варьировалось от 1 до 94 часов (среднее значение = 36.14 ч), но мы наблюдаем незначительное количество зондов, которые коррелируют с PMI (2 из 1640 и 16 из 1760 зондов для мозжечка и лобной коры, соответственно). Это говорит о том, что целостность образца вряд ли может быть источником изменений EV. Однако несколько более удивительно небольшое количество тестов, которые коррелируют с полом. Только 22 из 1640 гипервариабельных зондов мозжечка и 23 из 1760 гипервариабельных зондов лобной коры головного мозга показывают различия в EV в зависимости от пола. В то время как другие исследования показали широко распространенные половые различия в посмертной экспрессии генов мозга взрослых [37], EV в нашем анализе существенно не зависит от пола.

Однако мы наблюдаем, что возраст оказывает существенное влияние на изменчивость экспрессии. Возраст коррелирует с более чем 31% гипервариабельных зондов мозжечка и более 41% гипервариабельных зондов лобной коры. Это означает, что экспрессия этих зондов становится более или менее ограниченной во время старения. В мозжечке было 247 гипервариабельных зондов, экспрессия которых увеличивалась в зависимости от возраста, и 267 генов со сниженной экспрессией. Точно так же лобная кора содержала 373 зонда с повышенной экспрессией и 354 зонда со сниженной экспрессией.Учитывая, что возраст коррелирует со значительным количеством зондов Hyper-Variable, мы классифицировали возраст образцов в тканях мозжечка и лобной коры на три возрастных кластера в соответствии с BIC для максимизации ожидания (EM), инициализированного иерархической кластеризацией для параметризованного гауссова критерия. смешанные модели. Самый старый кластер содержал образцы возрастом от 58 до 98 (\ ({\ overline {x}} _ 1 = 79 \)). Второй кластер находился в диапазоне от 32 до 57 лет (\ ({\ overline {x}} _ 2 = 45 \)), а самый молодой возрастной кластер содержал образцы в возрасте от 1 до 31 (\ ({\ overline {x}} _ 3 = 17 \)).

Для дальнейшего изучения этого эффекта мы исследовали возрастные изменения в экспрессии зондов Hyper-Variable в трех кластерах. В каждом типе ткани мы пометили зонды, экспрессия которых положительно коррелировала с возрастом, как «с повышенной регуляцией», в то время как зонды с отрицательной корреляцией были названы «с пониженной регуляцией». Затем мы использовали метод иерархической кластеризации с тепловой картой экспрессии, чтобы визуализировать, как эти повышающие и понижающие уровни экспрессии проявляются в возрастных кластерах (рис.6). Полученные иерархические деревья зондов были сгруппированы в группы с помощью ручной резки дерева. Полный список карт дерева терминов GO для значимых кластеров генов можно найти в Дополнительном файле 6.

Иерархическая кластеризация гипервариабельных генов по возрасту в ( A ) ткани мозжечка и ( B ) ткани лобной коры. Вертикальная ось представляет регулируемые возрастом гены Hyper-Variable, в то время как образцы были сгруппированы по возрасту и нанесены на горизонтальную ось.Верхние тепловые карты представляют собой положительно коррелированные гены, регулируемые возрастом, а нижние тепловые карты представляют отрицательно коррелированные гены, регулируемые возрастом. Возрастные кластеры уменьшаются слева направо на обеих тепловых картах и ​​соответствуют следующим возрастным диапазонам: \ ({\ overline {\ mathrm {x}}} _ 1 = 79 \ \ left [58,98 \ right] \), \ ({\ overline {\ mathrm {x}}} _ 2 = 45 \ \ left [32,57 \ right] \) и \ ({\ overline {\ mathrm {x}}} _ 3 = 17 \ \ left [ 1,31 \ right] \)

Хотя мозжечок обычно считается регулятором моторных процессов, он также участвует в когнитивных и немоторных функциях [38].Многие из этих возрастно-зависимых генов гипервариабельности подтверждают предыдущие исследования, изучающие взаимосвязь между старением мозга и изменениями в экспрессии генов, включая клеточные реакции на химические стимулы (золотой кластер). В частности, было показано, что активные формы кислорода и азота изменяют активность ионно-транспортных каналов и служат важным механизмом старения мозга [39]. Хотя все отобранные гены регулируются по возрасту, некоторые гены демонстрируют выбросы, экспрессия которых остается высокой для всех генов в темно-оранжевом кластере, независимо от возраста.Эти гены с большей вероятностью будут сверхэкспрессированы в образцах с возрастом и обогащены для развития нейронов периферической нервной системы и путей апоптоза нейронов. Подобное обогащение нейрогенных и химических путей ответа на раздражители наблюдается в активированных генах лобной коры (золотой кластер). Темно-оранжевый кластер в зависимых от возраста генах лобной коры демонстрирует специфичную для образца избыточную или недостаточную экспрессию генов. Эти бимодально экспрессируемые гены обогащены для дифференцировки глиальных клеток, путей передачи сигналов аденозинового рецептора и процессинга антигена.Наконец, мы видим случайный разброс выражений в желтом кластере тепловой карты лобной коры, который неуклонно увеличивается с возрастом. Эти гены обогащены для дифференцировки глиальных клеток, клеточного ответа на алкоголь и защитных реакций на грибок.

Большинство генов с пониженной регуляцией возрастной гипервариабельности в мозжечке попадают в зеленый кластер, где экспрессия генов в кластере увеличивается с возрастом. Эти гены участвуют в опосредованном лейкоцитами иммунитете и защитных ответах на другие организмы, что подтверждается предыдущими исследованиями [40].Интересно, что желтый кластер демонстрирует U-образные уровни экспрессии, при этом самая низкая экспрессия наблюдается в кластере среднего возраста. Эти гены обогащены для развития зрительного нерва, ответа на гамма-интерферон и синаптической передачи сигналов. Во фронтальной коре большинство возрастно-зависимых генов с пониженной регуляцией попадают в красный кластер и обогащены для транспорта ионов, клеточного морфогенеза и транс-синаптической передачи сигналов. В целом, функциональные аннотации возрастных кластеров гипервариабельных генов предполагают, что популяционный EV является одним из результатов возрастных изменений экспрессии генов.

Затем мы исследовали возможное влияние статуса метилирования на экспрессию генов гипервариабельных генов, регулируемых с повышением и понижением. На рисунке 7 показано распределение гистограммы корреляции между экспрессией парных генов и метилированием гена для каждого гена. Мы не наблюдаем сильной корреляции между экспрессией и метилированием, предполагая, что возрастные изменения в экспрессии регулируемых возрастом генов Hyper-Variable не являются результатом изменений метилирования.

Корреляция экспрессии и метилирования.Гистограмма коэффициента корреляции Пирсона между парной экспрессией генов и уровнями метилирования генов в наборах гипервариабельных и гиповариабельных зондов

Экспрессия и регуляция гена | Изучайте науку в Scitable

Как ген, состоящий из цепочки ДНК, скрытой в ядре клетки, узнает, когда он должен проявить себя? Как этот ген вызывает производство последовательности аминокислот, называемой белком? Как разные типы клеток узнают, какие типы белков они должны производить? Ответы на такие вопросы лежат в изучении экспрессии генов.Таким образом, этот сборник или статьи начинается с демонстрации того, как тихая, хорошо охраняемая цепочка ДНК экспрессируется для образования РНК, и как информационная РНК транслируется с кодирования нуклеиновой кислоты на кодирование белка с образованием белка. Попутно набор статей также исследует природу генетического кода, то, как элементы кода были предсказаны, и как были определены фактические кодоны.

Далее мы переходим к регуляции генов. Гены не могут управлять организмом сами по себе; скорее, они должны взаимодействовать с окружающей средой организма и реагировать на нее.Некоторые гены являются конститутивными или всегда «активными» независимо от условий окружающей среды. Такие гены являются одними из наиболее важных элементов генома клетки, и они контролируют способность ДНК к репликации, экспрессии и самовосстановлению. Эти гены также контролируют синтез белка и большую часть центрального метаболизма организма. Напротив, регулируемые гены нужны лишь изредка — но как эти гены «включаются» и «выключаются»? Какие конкретные молекулы контролируют, когда они экспрессируются?

Оказывается, регуляция таких генов различается у прокариот и эукариот.Для прокариот большинство регуляторных белков отрицательны и поэтому отключают гены. Здесь клетки полагаются на связывание белок-небольшая молекула, при котором лиганд или небольшая молекула сигнализируют о состоянии клетки и о том, необходима ли экспрессия гена. Белок-репрессор или активатор связывается рядом со своей регуляторной мишенью: геном. Некоторые регуляторные белки должны иметь прикрепленный к ним лиганд, чтобы иметь возможность связываться, тогда как другие не могут связываться при присоединении к лиганду. У прокариот большинство регуляторных белков специфичны для одного гена, хотя есть несколько белков, которые действуют более широко.Например, некоторые репрессоры связываются в начале производства мРНК для всего оперона или кластера корегулируемых генов. Кроме того, некоторые репрессоры имеют систему тонкой настройки, известную как аттенюация, которая использует структуру мРНК для остановки как транскрипции, так и трансляции в зависимости от концентрации ферментов конечного продукта оперона. (У эукариот нет точного эквивалента ослабления, потому что транскрипция происходит в ядре, а трансляция происходит в цитоплазме, что делает такой скоординированный эффект невозможным.) Еще один уровень прокариотической регуляции влияет на структуру РНК-полимеразы, которая включает большие группы генов. Здесь сигма-фактор РНК-полимеразы изменяется несколько раз с образованием спор, устойчивых к нагреванию и высыханию. Здесь статьи о прокариотической регуляции углубляются в каждую из этих тем, что во многих случаях приводит к первичной литературе.

Для эукариот межклеточные различия определяются экспрессией разных наборов генов. Например, недифференцированная оплодотворенная яйцеклетка выглядит и действует совершенно иначе, чем клетка кожи, нейрон или мышечная клетка из-за различий в генах, экспрессируемых каждой клеткой.Раковая клетка действует иначе, чем нормальная клетка по той же причине: она экспрессирует разные гены. (Используя микроматричный анализ, ученые могут использовать такие различия, чтобы помочь в диагностике и выборе подходящего лечения рака.) Интересно, что у эукариот состояние экспрессии генов по умолчанию «выключено», а не «включено», как у прокариот. Почему это так? Секрет кроется в хроматине или комплексе белков ДНК и гистонов, обнаруженных в ядре клетки. Гистоны относятся к наиболее эволюционно консервативным из известных белков; они жизненно важны для благополучия эукариот и не выносят больших изменений.Когда конкретный ген прочно связан с гистоном, этот ген отключен. Но как же тогда эукариотическим генам удается избежать этого молчания? Здесь в игру вступает гистоновый код. Этот код включает модификации положительно заряженных аминокислот гистонов для создания одних доменов, в которых ДНК более открыта, и других, в которых она очень прочно связана. Метилирование ДНК — это один из механизмов, который, по-видимому, координируется с модификациями гистонов, особенно с теми, которые приводят к подавлению экспрессии генов.Небольшие некодирующие РНК, такие как РНКи, также могут участвовать в регуляторных процессах, которые формируют «молчащий» хроматин. С другой стороны, когда хвосты молекул гистонов ацетилируются в определенных местах, эти молекулы меньше взаимодействуют с ДНК, что делает ее более открытой. Регулирование открытия таких доменов — горячая тема исследований. Например, теперь исследователи знают, что комплексы белков, называемые комплексами ремоделирования хроматина, используют АТФ для переупаковки ДНК в более открытые конфигурации.Ученые также определили, что клетки могут поддерживать один и тот же гистоновый код и паттерны метилирования ДНК во многих клеточных делениях. Это постоянство без зависимости от спаривания оснований называется эпигенетикой, и существует множество доказательств того, что эпигенетические изменения вызывают многие болезни человека.

Чтобы транскрипция произошла, необходимо развернуть область вокруг предполагаемой зоны транскрипции. Это сложный процесс, требующий координации модификаций гистонов, связывания факторов транскрипции и других действий по ремоделированию хроматина.Как только ДНК открыта, определенные последовательности ДНК становятся доступными для связывания с конкретными белками. Многие из этих белков являются активаторами, а другие — репрессорами; у эукариот все такие белки часто называют факторами транскрипции (ТФ). Каждый TF имеет специфический ДНК-связывающий домен, который распознает мотив из 6-10 пар оснований в ДНК, а также эффекторный домен. В пробирке ученые могут найти след TF, если этот белок связывается с соответствующим ему мотивом в фрагменте ДНК. Они также могут увидеть, замедляет ли связывание TF миграцию ДНК при гель-электрофорезе.

Для активирующего ТФ эффекторный домен привлекает РНК-полимеразу II, эукариотическую полимеразу, продуцирующую мРНК, для начала транскрипции соответствующего гена. Некоторые активирующие TF даже включают сразу несколько генов. Все TF связываются с промоторами непосредственно перед эукариотическими генами, подобно бактериальным регуляторным белкам. Однако они также связываются с участками, называемыми энхансерами, которые могут быть ориентированы вперед или назад и располагаться выше или ниже или даже в интронах гена, и все же активировать экспрессию гена.Поскольку многие гены корегулируются, изучение экспрессии генов во всем геноме с помощью микрочипов или массового параллельного секвенирования позволяет исследователям видеть, какие группы генов корегулируются во время дифференцировки, рака и других состояний и процессов.

Большинство эукариот также используют небольшие некодирующие РНК для регуляции экспрессии генов. Например, фермент Dicer находит двухцепочечные области РНК и вырезает короткие фрагменты, которые могут выполнять регуляторную роль. Argonaute — еще один фермент, который важен для регуляции малых некодирующих РНК-зависимых систем.Здесь мы предлагаем вводную статью об этих РНК, но требуется больше содержания; пожалуйста, свяжитесь с редакторами, если вы заинтересованы в участии.

Импринтинг — еще один процесс, участвующий в регуляции эукариотических генов; этот процесс включает в себя подавление одного из двух аллелей гена на протяжении всей жизни клетки. Импринтинг влияет на меньшинство генов, но включены несколько важных регуляторов роста. Для некоторых генов материнская копия всегда заглушается, в то время как для разных генов родительская копия всегда заглушается.Эпигенетические метки, нанесенные на эти гены во время образования яйцеклеток или сперматозоидов, точно копируются в каждую последующую клетку, тем самым влияя на эти гены на протяжении всей жизни организма.

Еще один механизм, который заставляет некоторые гены замолчать на всю жизнь организма, — это инактивация X. Например, у самок млекопитающих одна из двух копий Х-хромосомы отключена и сильно уплотнена. Этот процесс отключения требует транскрипции, участия двух некодирующих РНК (одна из которых покрывает неактивную Х-хромосому) и участия ДНК-связывающего белка, называемого CTCF.Поскольку возможная роль регуляторных некодирующих РНК в этом процессе исследуется, несомненно, будет обнаружено больше информации относительно инактивации X.

Изображение: «Illumination» Патрика Моргана с обложки журнала Nature Reviews Genetics , июнь 2006 г. Все права защищены.

Hoopes, L. (2008) Введение в тематическую комнату по экспрессии и регуляции генов. Природное образование 1 (1): 160

Вмешательство: Помогите любимому человеку преодолеть зависимость

Вмешательство: Помогите близкому человеку преодолеть зависимость

Очень сложно помочь любимому человеку, борющемуся с любым типом зависимости. Иногда прямой, задушевный разговор может стать началом пути к выздоровлению. Но когда дело доходит до зависимости, человек с проблемой часто изо всех сил пытается ее увидеть и признать. Часто требуется более сфокусированный подход. Возможно, вам придется объединить усилия с другими и принять меры посредством официального вмешательства.

Примеры зависимостей, которые могут потребовать вмешательства, включают:

• Алкоголизм
• Злоупотребление лекарствами, отпускаемыми по рецепту
• Улица наркомании
• Компульсивное переедание
• Азартные игры

Люди, которые борются с зависимостью, часто отрицают свою ситуацию и не хотят обращаться за лечением.Они могут не осознавать негативное влияние своего поведения на себя и других.

Вмешательство предоставляет вашему любимому человеку структурированную возможность внести изменения до того, как ситуация станет еще хуже, и может побудить его или ее обратиться за помощью или принять ее.

Что такое вмешательство?

Вмешательство — это тщательно спланированный процесс, который может выполняться семьей и друзьями при консультации с врачом или профессионалом, например, лицензированным консультантом по алкоголю и наркотикам, или под руководством специалиста по вмешательству (интервенциониста).Иногда в нем участвует член веры вашего любимого человека или другие люди, которым небезразличен человек, борющийся с зависимостью.

Во время вмешательства эти люди собираются вместе, чтобы обсудить с любимым человеком последствия зависимости и попросить его или ее принять лечение. Вмешательство:

• Содержит конкретные примеры деструктивного поведения и их воздействия на вашего любимого человека с зависимостью, а также на семью и друзей
• Предлагает заранее составленный план лечения с четкими этапами, целями и руководящими принципами
• Объясняет, что каждый человек будет делать, если ваш близкий отказывается принимать лечение

Как работает типичное вмешательство?

Вмешательство обычно включает следующие шаги:

1. Составьте план. Член семьи или друг предлагает вмешательство и формирует группу планирования. Лучше всего, если вы проконсультируетесь с квалифицированным профессиональным консультантом, специалистом по наркозависимости, психологом, консультантом по психическому здоровью, социальным работником или специалистом по вмешательству, чтобы помочь вам организовать эффективное вмешательство. Вмешательство — это очень напряженная ситуация, которая может вызвать гнев, негодование или чувство предательства.
2. Соберите информацию. Члены группы узнают о масштабах проблемы вашего близкого и исследуют его состояние и программы лечения.Группа может инициировать мероприятия, чтобы записать вашего близкого на определенную программу лечения.
3. Сформируйте оперативную группу. Группа планирования формирует команду, которая будет лично участвовать в вмешательстве. Члены команды назначают дату и место и работают вместе, чтобы представить последовательное, отрепетированное сообщение и структурированный план. Часто члены команды, не являющиеся членами семьи, помогают сосредоточить обсуждение на фактах проблемы и общих решениях, а не на сильных эмоциональных реакциях.Не позволяйте любимому человеку знать, что вы делаете, до дня вмешательства.
4. Определитесь с конкретными последствиями. Если ваш близкий человек не принимает лечение, каждый член команды должен решить, какие действия он или она предпримет. Например, вы можете попросить любимого человека съехать.
5. Записывайте, что сказать. Каждый член команды описывает конкретные случаи, когда зависимость вызвала проблемы, например, эмоциональные или финансовые проблемы.Обсудите последствия поведения вашего любимого человека, все еще выражая заботу и ожидание того, что он или она могут измениться. Ваш любимый человек не может спорить с фактами или с вашей эмоциональной реакцией на проблему. Например, начните со слов «Я был расстроен и обиделся, когда ты выпил…»
6. Проведите интервенционную встречу. Не раскрывая причины, вашего любимого, страдающего зависимостью, приглашают на сайт вмешательства. Затем члены команды по очереди выражают свои опасения и чувства.Вашему любимому человеку предложат вариант лечения и попросят его сразу же принять. Каждый член команды скажет, какие именно изменения он внесет, если ваш любимый человек не примет план. Не угрожайте последствиями, если вы не готовы их довести до конца.
7. Дальнейшие действия. Вовлечение супруга, членов семьи или других лиц имеет решающее значение для того, чтобы помочь человеку, страдающему зависимостью, продолжить лечение и избежать рецидива. Это может включать в себя изменение повседневной жизни, чтобы упростить избежание деструктивного поведения, предложение участвовать в консультациях с любимым человеком, поиск собственного терапевта и поддержки восстановления и знание того, что делать в случае рецидива.

Успешное вмешательство должно быть тщательно спланировано, чтобы работать так, как задумано. Плохо спланированное вмешательство может ухудшить ситуацию — ваш близкий может почувствовать нападение и стать изолированным или более сопротивляться лечению.

Проконсультируйтесь со специалистом по наркозависимости

Консультации со специалистом по наркозависимости, например, лицензированным консультантом по алкоголю и наркотикам, социальным работником, психологом, психиатром или специалистом по вмешательству, могут помочь вам организовать эффективное вмешательство.Специалист по наркозависимости учтет конкретные обстоятельства вашего любимого человека, предложит лучший подход и поможет подобрать вам тип лечения и план последующего наблюдения, который, вероятно, подойдет лучше всего.

Часто вмешательства проводятся без вмешательства специалиста, но помощь специалиста может быть предпочтительнее. Иногда вмешательство происходит в офисе профессионала. Может быть особенно важно, чтобы профессионал присутствовал на самом вмешательстве, чтобы помочь вам не сбиться с пути, если ваш любимый человек:

• Имеет в анамнезе серьезные психические заболевания
• Насилие в прошлом
• Выказал суицидальное поведение или недавно говорил о самоубийстве
• Может принимать несколько веществ, изменяющих настроение

Очень важно проконсультироваться со специалистом по вмешательству, если вы подозреваете, что ваш любимый человек может отреагировать агрессивно или саморазрушительно.

Кто должен быть в группе вмешательства?

Группа вмешательства обычно состоит из четырех-шести человек, которые важны в жизни вашего любимого человека — людей, которых он любит, любит, уважает или от которых зависит. Это может быть, например, лучший друг, взрослые родственники или представитель веры вашего любимого человека. Ваш специалист по вмешательству может помочь вам определить подходящих членов вашей команды.

Не включайте никого, кто:

• Не нравится вашему любимому человеку
• Имеет неуправляемую проблему психического здоровья или злоупотребление психоактивными веществами
• Может быть не в состоянии ограничить то, что он или она говорит, тем, о чем вы договорились во время встречи по планированию
• Может помешать вмешательству

Если вы думаете, что участие кого-то важно, но беспокоитесь, что это может создать проблемы во время вмешательства, подумайте о том, чтобы этот человек написал короткое письмо, которое кто-то другой сможет прочитать во время вмешательства.

Как вы подбираете программу лечения, которую предлагаете во время вмешательства?

Оценка, проведенная специалистом по наркозависимости, помогает определить масштаб проблемы и подобрать подходящие варианты лечения.

Варианты лечения могут различаться по интенсивности и масштабу и применяться в различных условиях. Варианты могут включать краткое раннее вмешательство, амбулаторное лечение или дневные программы лечения. Более серьезные проблемы могут потребовать помещения в специализированную программу, лечебное учреждение или больницу.

Лечение может включать консультирование, обучение, профессиональные услуги, семейные услуги и обучение жизненным навыкам. Например, клиника Mayo Clinic предлагает различные услуги по лечению зависимости и комплексный командный подход к лечению зависимости.

Если необходима программа лечения, это может помочь начать ее заранее. Проведите небольшое исследование, помня об этих моментах:

• Спросите у проверенного нарколога, врача или специалиста по психическому здоровью о лучшем подходе к лечению для вашего любимого человека и рекомендациях по программам.
• Свяжитесь с национальными организациями, доверенными онлайн-группами поддержки или местными клиниками для получения программ лечения или совета.
• Узнайте, покрывает ли ваш страховой план лечение , которое вы планируете.
• Узнайте, какие шаги необходимы для поступления, , например, назначьте встречу для оценки, предварительную страховку и есть ли список ожидания.
• Остерегайтесь лечебных центров, обещающих быстрые решения, и избегайте программ, в которых используются необычные методы или методы лечения, которые кажутся потенциально опасными.
• Если программа требует поездки, сделайте это заранее. — подумайте о том, чтобы приготовить упакованный чемодан для любимого человека.

Также может быть уместным попросить любимого человека обратиться за поддержкой в ​​такую ​​группу, как Анонимные Алкоголики.

Как вы можете помочь обеспечить успешное вмешательство?

Имейте в виду, зависимость вашего любимого человека связана с сильными эмоциями. Процесс организации вмешательства и само вмешательство могут вызвать конфликт, гнев и негодование даже среди членов семьи и друзей, которые знают, что вашему любимому человеку нужна их помощь.Чтобы помочь провести успешное вмешательство:

• Не торопитесь вмешиваться. Планирование эффективного вмешательства может занять несколько недель. Однако не делайте его слишком сложным, иначе может быть трудно заставить всех выполнить его.
• Спланируйте время вмешательства. Убедитесь, что вы выбрали дату и время, когда ваш близкий с меньшей вероятностью будет находиться в состоянии алкогольного или наркотического опьянения.
• Делай уроки. Изучите проблему зависимости или злоупотребления психоактивными веществами вашего любимого человека, чтобы хорошо ее понять.
• Назначьте одного человека в качестве связного. Наличие единого контактного лица для всех членов команды поможет вам общаться и не сбиться с пути.
• Поделиться информацией. Убедитесь, что каждый член команды имеет одинаковую информацию о зависимости вашего любимого человека и вмешательстве, чтобы все были на одной странице. Проводите встречи или конференц-звонки, чтобы делиться новостями и соглашаться выступить единой командой.
• Проведите репетицию выступления. Здесь вы можете решить, кто и когда будет говорить, порядок сидения и другие детали, чтобы не было проблем во время реального вмешательства с любимым человеком.
• Предвидьте возражения любимого человека. Подготовьте спокойные и рациональные ответы на каждую причину, по которой ваш любимый человек может назвать, чтобы избежать лечения или ответственности за свое поведение. Предложите поддержку, которая облегчит участие в лечении, например, организуйте присмотр за детьми или посетите консультации с любимым человеком.
• Избегайте конфронтации. Относитесь к любимому человеку с любовью, уважением, поддержкой и заботой, а не гневом. Будьте честны, но не используйте вмешательство как форум для враждебных атак. Избегайте обзывающих и гневных или обвиняющих высказываний.
• Не сбивайтесь с пути во время вмешательства. Отклонение от плана может быстро сорвать вмешательство, предотвратить благоприятный исход для вашего любимого человека и усугубить семейную напряженность. Будьте готовы сохранять спокойствие перед лицом обвинений, обиды или гнева любимого человека, которые часто предназначены для того, чтобы отвлечь или сорвать разговор.
• Спросите о немедленном решении. Не давайте любимому человеку время подумать, принять ли предложение о лечении, даже если он или она попросит несколько дней подумать. Это позволяет любимому человеку продолжать отрицать наличие проблемы, скрываться или впадать в опасную выпивку. Будьте готовы провести обследование вашего близкого, чтобы немедленно начать лечение, если он или она согласны с планом.

Если любимый человек отказывается от помощи

К сожалению, не все вмешательства оказываются успешными.В некоторых случаях ваш любимый человек с зависимостью может отказаться от плана лечения. Он или она может вспыхнуть гневом или настаивать на том, что помощь не нужна, или может обидеться и обвинить вас в предательстве или лицемерии.

Эмоционально подготовьтесь к этим ситуациям, сохраняя при этом надежду на позитивные изменения. Если ваш любимый человек не принимает лечение, будьте готовы довести до конца представленные вами изменения.

Часто дети, партнеры, братья и сестры и родители подвергаются жестокому обращению, насилию, угрозам и эмоциональным потрясениям из-за проблем с алкоголем и наркотиками.У вас нет контроля над поведением любимого человека с зависимостью. Однако у вас есть возможность вывести себя и своих детей из деструктивной ситуации.

Даже если вмешательство не сработает, вы и другие люди, вовлеченные в жизнь вашего любимого человека, можете внести изменения, которые могут помочь. Попросите других вовлеченных людей не допустить деструктивного цикла поведения и предпринять активные шаги для поощрения позитивных изменений.

1. Вмешательство — Советы и рекомендации.Национальный совет по алкоголизму и наркозависимости. https://www.ncadd.org/family-friends/there-is-help/intervention-tips-and-guidelines. По состоянию на 7 июня 2017 г.
Электронная книга
2. Intervention — Что делать, если ваш ребенок пьет или употребляет наркотики. Партнерство для детей, свободных от наркотиков. https://drugfree.org/download/intervention-ebook/. По состоянию на 7 июня 2017 г.
3. Алкогольная и наркотическая зависимость случается в лучших семьях… и это больно. Управление служб по борьбе со злоупотреблением психоактивными веществами и психическим здоровьем.http://store.samhsa.gov/product/Alcohol-and-Drug-Adдиктион-Happens-in-the-Best-of-Families/SMA12-4159. По состоянию на 7 июня 2017 г.
4. Помощь взрослому члену семьи или другу, страдающему наркотической или алкогольной зависимостью. Партнерство для детей, свободных от наркотиков. https://drugfree.org/parent-blog/want-help-adult-family-member-friend-drug-alcohol-problem-7-suggestions/. По состоянию на 8 июня 2017 г.
5. Электронная книга о лечении — Как найти правильную помощь для вашего ребенка, страдающего алкогольной или наркотической зависимостью. Партнерство для детей, свободных от наркотиков.https://drugfree.org/download/treatment-ebook/. По состоянию на 8 июня 2017 г.
6. Hall-Flavin DK (заключение эксперта). Клиника Мэйо, Рочестер, Миннесота, 13 июня 2017 г.

Продукция и услуги

1. Книга: Книга здоровья семьи клиники Мэйо, 5-е издание
2. Информационный бюллетень: Письмо клиники Мэйо о здоровье — цифровое издание

.

Вариабельность экспрессии генов в популяциях человека и шимпанзе имеет общие детерминанты

Редакции для этого документа:

Рецензенты предложили ряд потенциальных дополнений, чтобы прояснить текущие результаты или развить их.Я предоставляю авторам решать, какие из них стоит включить в их пересмотр.

1) Первый тест, проведенный авторами, направлен на идентификацию дифференциально вариабельных (DV) генов. Всего было идентифицировано 2658 генов DV. Проблема результата состоит в том, что почти равное количество генов DV с повышенной и подавляющей регуляцией симметрично распределено вокруг DV = 0. Часто это указывает на отсутствие биологических сигналов при анализе данных. Это может быть связано с объединением групп генов с различными функциями вместе.Таким образом, этот рецензент предлагает авторам разбить гены на подгруппы, чтобы детализировать паттерны повышающей и понижающей регуляции в надежде, что некоторые из групп генов дадут интерпретируемые результаты.

Мы благодарим рецензентов за их полезные комментарии, которые в конечном итоге улучшили рукопись.

Что касается этого момента, верно, что симметричная нищета ожидается при отсутствии биологического сигнала, но мы также часто видим такое распределение при наличии обильного биологического сигнала, особенно когда мы сравниваем количественные признаки между видами.Например, хорошо известно, что среди межвидовых дифференциально экспрессируемых генов практически при любом сравнении, которое проводилось на сегодняшний день, около половины генов имеют повышенные уровни экспрессии, а около половины — пониженную экспрессию.

Тем не менее, мы предоставляем анализ, предложенный рецензентом (измененная рукопись Рисунок 4 — приложение к рисунку 3). Мы выполнили обогащение GSEA, чтобы определить, какие категории генов предпочтительно относятся к DV-up или DV-down у шимпанзе и человека. Мы обнаружили гены, связанные с иммунитетом, с более высокой дисперсией у шимпанзе, и гены, связанные с митозом, с более высокой дисперсией у людей.Как описано в рукописи, наша интерпретация состоит в том, что это частично отражает различия в историях жизни в человеческой популяции, от которой многие люди страдали сердечной ишемией и могли иметь в ответ по-разному экспрессируемые гены, связанные с митозом.

2) Второй тест состоит в том, чтобы сопоставить более высокую сохранность кодирующей последовательности с более низкой дисперсией. Опять же, положительный результат не является неожиданным. Есть много косвенных и / или искажающих факторов, которые могут объяснить эффект.Этот рецензент, однако, понимает, что невозможно контролировать их все (также авторы попытались решить некоторые из них в следующих нескольких тестах). Однако здесь лучше добавить исследовательский анализ генов в различных функциональных группах, а также привести примеры генов-выбросов, которые не соответствуют правилу.

Это хорошее предложение. В исправленной версии мы предоставляем новый анализ (исправленный рисунок рукописи 3 — приложение к рисунку 1), в котором мы проверяем корреляцию между более высокой сохранностью кодирующей последовательности (метрика dN / dS) с более низкой дисперсией на основе категории GO.В соответствии с повествованием в этой рукописи, мы обнаруживаем, что эта корреляция наиболее сильна для генов, связанных с иммунитетом.

3) Третий тест заключается в изучении корреляции между вариабельностью экспрессии генов и неоднородностью образцов по типу отдельных клеток. Авторы сначала использовали набор данных Tabula Muris, чтобы показать, что дисперсия сильно коррелирует со специфичностью / разнообразием клеточного типа. Если это правда, то то, что авторы действительно хотели продемонстрировать, на самом деле затруднено. Авторы могут действительно захотеть показать, что «истинная» вариабельность отдельных клеток (см., Например, PMID: 31861624) коррелирует с уровнем групповой вариабельности экспрессии генов.

Это важный вопрос, над которым мы размышляли, когда писали эту рукопись. Этот комментарий аналогичен пункту 11 рецензента, и мы предоставляем описание нового анализа для решения этого вопроса в нашем ответе на пункт 11 (пожалуйста, прочтите ниже).

4) Четвертый тест, проведенный авторами, должен показать, что отношения генов dN / dS и P _n / P _s коррелируют с вариабельностью (дисперсией) экспрессии генов. Однако из-за существования неоднородности клеточного состава в образцах, любая наблюдаемая корреляция может быть полностью искажена этим единственным неконтролируемым смешивающим фактором.Кроме того, ткани сердца содержат избыточную экспрессию генов, закодированных в митохондриальном геноме. Уровень экспрессии этих mt-генов может существенно различаться между образцами и отражать состояние здоровья доноров первичных образцов. При нормализации PEER это может быть принято во внимание как ковариантное.

Мы не понимаем первую проблему — что dN / dS и P _n / P _s могут быть сбиты с толку наличием неоднородности состава клеточного типа.Очевидно, что dN / dS и P _n / P _s основаны на генотипах и, как таковые, ортогональны измерениям на основе экспрессии генов в тканях (поскольку все типы клеток одного и того же человека имеют одинаковые генотипы). Учитывая это, как эти измерения могут быть искажены составом клеток?

Второй момент — что mt-гены могут быть важными маркерами приспособленности клеток или организма, которые могут быть важны для коррекции, — это интересная возможность, и мы продолжили ее исследования.Здесь (изображение ответа автора1) мы показываем, что первые 10 основных компонентов экспрессии генов, которые мы включаем в качестве ковариат в линейные модели eQTL, объясняют почти идентичную долю общей дисперсии, независимо от того, включаем ли мы mt-гены в экспрессию гена. матрица (точное сравнение — это ПК из матрицы экспрессии генов, в которую включены MT-гены, по сравнению с одной, в которой медиана экспрессии MT-генов установлена ​​на медианное значение по всем выборкам, имитируя нулевую дисперсию, вносимую MT-генами).Таким образом, мы считаем, что наших исходных ковариат главных компонентов достаточно для захвата компонентов экспрессии митохондриальных генов, которые могут отражать состояние здоровья, и мы не изменяли модель eQTL или результаты, полученные в нашей первоначальной заявке.

5) Несколько других тестов, выполненных авторами, касались eQTL (перекрытие eGene и перекрытие eSNP) между двумя видами.Это типичные тесты, которые биологи-эволюционисты обычно пытаются проводить всякий раз, когда доступны данные. Однако проблема с этими типами тестов в целом заключается в низкой мощности. Что еще более важно, для обеспечения согласованности с предыдущими тестами, которые полностью объясняют вариацию экспрессии генов, в этой части должно быть рассмотрено перекрытие между экспрессией vQTL у людей и шимпанзе.

Мы согласны с тем, что анализ перекрытия eGene ограничен мощностью, поскольку анализ eQTL часто требует гораздо больших размеров выборки для обнаружения умеренных эффектов eQTL.Хотя мы принципиально ограничены доступными нам данными, мы все же обращаем внимание на частичное совпадение между дисперсией и электронными генами (пересмотренный рисунок 6B, рисунок 6 — приложение к рисунку 4). К сожалению, устранение любого потенциального межвидового перекрытия с помощью varianceQTL (vQTL) потребует размеров выборки больше, чем мы можем получить. Например, [Sarkar et al., PLoS Genet. 2019] предлагает размер выборки в тысячи единиц, необходимый для выявления генетических вариантов, объясняющих дисперсию независимо от среднего выражения.

6) Я хотел бы видеть больше дискуссий о взаимосвязи шимпанзе при анализе экспрессии генов.Это способствует силе анализа DE, который имеет действительно большое количество генов DE? Это, безусловно, может быть связано с большим размером выборки, но это необходимо исправить. В связи с этим поддержка того, что оценки генетической дисперсии хорошо коррелированы у людей и шимпанзе в целом (рисунок 1C и рисунок 2 — приложение к рисунку 1), кажется качественной. Похоже, у шимпанзе в целом может быть меньше дисперсии?

Спасибо за хорошее предложение относительно вклада взаимосвязанных шимпанзе в анализ DE.Чтобы решить эту проблему, мы выполнили ряд новых анализов (измененная рукопись на рисунке 1 — приложение к рисунку 3). Во-первых, мы определили кластеры наших образцов шимпанзе на основе генетического родства, определив группы взаимосвязанных шимпанзе и неродственных шимпанзе в качестве тестовых и контрольных групп для дальнейшего исследования. Мы отмечаем, что качественно измерения экспрессии в масштабе всего генома особей шимпанзе, которые являются более близкими родственниками, не более похожи, чем измерения неродственных особей, вероятно, из-за смешивающих факторов в данных, таких как групповой эффект выделения РНК или другие технические эффекты.Мы также использовали пакет VariancePartition R для количественной оценки эффектов взаимосвязанности и эффектов технической партии, обнаружив, что эффекты технической партии, вероятно, имеют большее влияние на экспрессию генов и анализ DE. Наконец, мы эмпирически решаем этот вопрос, повторяя анализ DE с тестом (взаимосвязанные образцы шимпанзе) и контролем (несвязанные образцы) и количественно оценивая количество генов DE и оценивая частоту ложных срабатываний. Мы не находим каких-либо значимых различий, которые указывали бы на взаимосвязанные образцы, оказывающие влияние с той же силой, что и эффекты технической партии.

7) Что, по мнению авторов, эти результаты означают для систем исследования за пределами людей и содержащихся в неволе шимпанзе? Как на техническом уровне (например, размер выборки), так и в отношении того, как их подход может быть полезен за пределами этих видов. Обобщение этого подхода расширит влияние и аудиторию статьи.

Что касается нашего анализа мощности DE, это отличный вопрос, но эмпирический ответ на этот вопрос выходит за рамки данной статьи, поэтому мы можем только строить догадки.Хотя мы полагаем, что наши результаты могут зависеть от сравнения видов (виды, которые больше разошлись, могут иметь большие различия, и, таким образом, исследование аналогичного размера может выявить больше различий), и типа ткани (ткани с высокой межиндивидуальной вариабельностью из-за технические или экологические факторы могут иметь меньшую мощность). Мы добавили обсуждение этого в исправленную рукопись. Кроме того, мы предоставляем анализ тканей GTEx, который количественно определяет вариабельность (оценка параметра генетической избыточной дисперсии, измеренная на основе отрицательного бинома) в образцах GTEx для различных тканей (изображение ответа автора 2, вверху).Мы отмечаем, что среднее количество избыточной дисперсии популяции в ткани отрицательно коррелирует с количеством eGenes, обнаруженных в GTEx (независимо от размера выборки GTEx, изображение ответа автора 2 внизу слева, внизу справа). Мы полагаем, что это может служить ориентиром для определения того, какие ткани могут иметь больше возможностей для анализа DE или анализа eQTL из-за степени индивидуальной вариабельности. Мы решили не включать этот анализ в основную рукопись, поскольку считаем, что он не легко вписывается в фокус существующего повествования о межвидовых различиях в изменчивости и eQTL.

8) Проверяли ли авторы напрямую, были ли eQTL обогащены генами с высокой дисперсией? Я не мог найти это в газетах. Это кажется почти тривиальным правдой. Возможно, я пропустил этот результат? Или авторы беспокоились, что это слишком вероятно, если это будет связано с типом клеток? В любом случае, это похоже на результат, который может быть полезно показать, даже если авторы действительно признали, что он, вероятно, был ошибочным.

Да. Как предполагает автор обзора, гены, содержащие eQTL (eGenes), имеют более высокую дисперсию, чем гены, не являющиеся eGenes. Мы добавили новый рисунок (измененный рисунок 6 рукописи — приложение 4 к рисунку), чтобы показать это. В связи с этим моментом в первоначальном представлении мы показали, что гены, которые являются eGenes конкретно у шимпанзе, а не у человека, имеют более высокую дисперсию у шимпанзе, чем у человека, и наоборот (измененная рукопись Рисунок 6B).

9) Рассматривали ли авторы поиск QTL клеточного типа? В статье несколько раз утверждается, что генетические факторы могут влиять на типы клеток.У них достаточно данных — по крайней мере, у человека — для получения QTL для определенных типов клеток, как это сделали другие (Marderstein et al., 2020; Donovan et al., 2020). Если эти QTL клеточного типа были обогащены рядом с генами с высокой дисперсией, это может поддержать аргумент автора о том, что генетические факторы лежат в основе дисперсии, влияя на состав типов клеток.

Спасибо за хорошее предложение. Здесь мы выполнили анализ, предложенный рецензентом (изображение ответа автора3). Мы использовали оценки клеточного состава из [Donovan et al., 2020] на образцах левого желудочка сердца GTEx и выполнили общегеномное ассоциативное исследование в попытке идентифицировать варианты, которые связаны с типовым составом клеток (аналогично [Marderstein et al., 2020]). Мы использовали линейную смешанную модель с матрицей генетического родства для учета происхождения, включили пол в качестве ковариаты и использовали нормированную квантиль долю клеток сердечной мышцы в качестве переменной ответа. Ни один из локусов не достиг стандартного строгого порога значимости для всего генома 5E-8 (изображение ответа автора 3, вверху), но, тем не менее, мы спросили, являются ли 100 лучших локусов (по оценкам FDR <0.5) наиболее близки к высокодисперсным или низкодисперсным генам (изображение ответа автора 3, внизу слева). Кроме того, в рамках гипотезы о том, что eQTL могут отражать прямое влияние на состав типов клеток, мы спросили, имеют ли eQTL (сводная статистика, полученная из GTEx) завышенные P-значения для ассоциации с составом типов клеток (изображение ответа автора 3, внизу справа). Мы не обнаружили какого-либо значимого эффекта, предполагая, что конвейер картирования GTEx хорошо справляется с учетом неоднородности типов клеток через PEER и / или недостатка мощности для обнаружения QTL такого типа.

Наш анализ в ответ на этот вопрос привел нас к дополнительному анализу, который не имеет прямого отношения к точке зрения этого рецензента, но, тем не менее, мы включили исправленную рукопись (исправленная рукопись Рисунок 4 — рисунок в приложении 2), и мы кратко резюмируем здесь: Оценки типового состава клеток из [Donovan et al., 2020] включают все образцы сердца GTEx (как из левого желудочка, так и из тканей ушка предсердия, часто от одной и той же группы людей). Мы использовали это как возможность изучить, может ли изменчивость экспрессии генов из-за состава типов клеток иметь сильный генетический или индивидуальный компонент, в отличие от того, чтобы быть полностью техническим артефактом несоответствий в рассечении ткани и взятии образцов. Мы рассудили, что если намеренно анатомически разные участки сердца (левый желудочек по сравнению с придатком предсердия) у одного и того же человека коррелируют лучше, чем сопоставленные образцы ткани у разных людей, то различия в составе типов клеток в наших образцах шимпанзе, вероятно, связаны с различиями индивидуальных уровней, а скорее чем технические различия в сборе образцов.На рис. 4 — приложение к рисунку 1-A мы качественно демонстрируем, что существует очевидная корреляция на индивидуальном уровне между образцами ушка предсердия и образцами левого желудочка для согласованных индивидуумов. Мы использовали линейную смешанную модель (реализованную с помощью пакета VariancePartition R) для количественной оценки вклада факторов индивидуального уровня по сравнению с факторами тканевого уровня в оценки состава типов клеток и обнаружили, что фактор индивидуального уровня обычно объясняет большую дисперсию. Мы интерпретируем это как убедительное доказательство того, что различия между выборками, зафиксированные в наших оценках дисперсии, в значительной степени обусловлены истинными различиями между людьми, а не случайными техническими различиями в сборе и анализе выборки.

10) Контрольный образец scRNA-seq, используемый для оценки типов клеток в сердечной ткани, был получен от мышей. Может ли это привести авторов к недооценке степени, в которой типы клеток управляют дисперсией генов, различающихся у человека и шимпанзе? Гены, которые различаются между человеком и шимпанзе, также могут с большей вероятностью быть вариабельными между видами и мышами, и, возможно, эта вариабельность привела к тому, что они стали более / менее маркером конкретной клеточной популяции (и, следовательно, их дисперсия у приматов не коррелируют со специфичностью типа клеток у мышей).

Хорошее замечание! Мы согласны с тем, что, вероятно, существует общее отклонение в сторону уменьшения (то есть регрессивное разбавление) в оценках влияния специфичности типа клеток на дисперсию у приматов из-за того, что оценки специфичности типа клеток основаны на данных по одиночным клеткам мышей. Мы добавили этот пункт в исправленную рукопись.

11) Пытались ли авторы оценить дисперсию сверх ожидаемого, исходя из различий в типах клеток? Есть несколько стратегий, которые могут сработать для этого: Существуют новые стратегии для оценки апостериорной экспрессии специфичного для клеточного типа экспрессии из большого количества выборки, при условии, что данные scRNA-seq в качестве априорной информации (Chu and Danko, 2020).Эти оценки экспрессии специфического типа клеток затем могут быть проанализированы на предмет дисперсии. В качестве альтернативы, это также может работать, чтобы регрессировать оценочную долю каждого типа ячеек из оценок дисперсии. Хотя, безусловно, существует множество подводных камней с использованием этих стратегий, особенно в показанной здесь настройке (все это работало бы лучше, если бы были эталонные данные, соответствующие видам), они могут обеспечить путь для уменьшения вклада различий типов клеток в дисперсию. оценки.

Спасибо за полезное предложение! Хотя мы согласны с тем, что, естественно, есть много предостережений в отношении такого анализа (оценка экспрессии и дисперсии специфического типа клеток в массе на основе ссылки на мыши), в исправленной рукописи мы описываем новый анализ (рисунок 4 — приложение к рисунку 1). используя предложенную методологию [Chu and Danko, 2020]: после оценки состава и экспрессии типов клеток на индивидуальной основе мы затем оценили дисперсию для каждого типа клеток как у человека, так и у шимпанзе.Мы представляем результаты в виде корреляционной матрицы с иерархической кластеризацией. Мы обнаружили, что в то время как измерения экспрессии, специфичной для определенного типа клеток, группируются по типу клеток, а не по видам, оценки дисперсии по типу клеток объединяются в сложный паттерн, на который в большей степени влияют виды. Мы считаем, что это согласуется с идеей о том, что на дисперсию совокупных образцов существенно влияют как состав клеток, так и генетические эффекты. Другими словами, когда вы можете скорректировать эффекты состава типа клеток или, скорее, оценить дисперсию в пределах контролируемого типа клеток, влияние генетических эффектов становится более очевидным.Таким образом, дисперсия, специфичная для клеток шимпанзе и человека, оценивается частично по видам, поскольку ожидается, что вариации, обусловленные генетическими вариантами, почти полностью разделятся по видам.

Кроме того, поскольку мы чувствовали, что этап декомпозиции по типам ячеек в этом новом анализе был излишне избыточным с оценками разложения по типам ячеек, которые мы ранее представили с использованием алгоритма CIBERSORT, мы заменили исходный рисунок и описание методов, ссылающихся на разложение ячеек CIBERSORT оценками разложения ячеек из методология [Chu and Danko, 2020] (исправленная рукопись Рисунок 4 — приложение к рисунку 2).Оценки доли типов клеток между двумя методами, как правило, хорошо коррелированы (R ² = 0,88 для всех людей и типов клеток), и небольшие расхождения не меняют никаких первичных выводов статьи.

12) Могут ли авторы добавить пунктирную линию, чтобы показать форму распределения для генов с низкой дисперсией, или где дисперсия одинакова как у человека, так и у шимпанзе, на рисунке 4B? Отличается ли это от генов, присущих шимпанзе или человеку?

Мы добавили врезку диаграммы рассеяния в измененную рукопись на рис. 4В и 4А, чтобы показать оценки дисперсии распределения для нанесенных на график генов как у человека, так и у шимпанзе.

Права ребенка и их значение

Дети и молодые люди имеют те же общие права человека, что и взрослые, а также особые права, в которых признаются их особые потребности. Дети не являются ни собственностью родителей, ни беспомощными объектами благотворительности. Они люди и обладают собственными правами.

Конвенция о правах ребенка устанавливает права, которые должны быть реализованы, чтобы дети могли полностью раскрыть свой потенциал.

Конвенция предлагает видение ребенка как личности и члена семьи и сообщества с правами и обязанностями, соответствующими его возрасту и стадии развития. Признавая таким образом права детей, Конвенция делает упор на ребенка в целом.

Конвенция признает основное человеческое достоинство всех детей и безотлагательную необходимость обеспечения их благополучия и развития. Он проясняет идею о том, что основное качество жизни должно быть правом всех детей, а не привилегией, которой пользуются немногие.

Курс: Права ребенка и их значение

Хотите узнать больше о правах ребенка? Пройдите этот короткий курс, чтобы изменить ваше понимание прав ребенка и подхода, основанного на правах ребенка, познакомить вас с мандатом ЮНИСЕФ в том, что касается прав ребенка, и вдохновить вас применить линзу прав ребенка к своей повседневной работе и жизни.

Есть много причин для выделения прав детей в отдельную Конвенцию о правах человека:

Дети не являются ни собственностью родителей, ни государством, ни простыми людьми; они имеют равный статус как члены человеческой семьи.

Дети должны полагаться на взрослых в вопросах воспитания и руководства, которые им необходимы, чтобы стать независимыми. В идеале такое воспитание обеспечивается взрослыми в детских семьях, но когда основные взрослые опекуны не могут удовлетворить потребности детей, именно государство как лицо, несущее основную ответственность, должно найти альтернативу в наилучших интересах ребенка.

Практически каждая область государственной политики — от образования до здравоохранения — в той или иной степени затрагивает детей.Недальновидная политика, не учитывающая детей, отрицательно сказывается на будущем всех членов общества.

Дети обычно не голосуют и традиционно не принимают участия в политических процессах. Без особого внимания к мнениям детей, выражаемым дома и в школах, в местных сообществах и даже в правительстве, взгляды детей остаются неуслышанными по многим важным вопросам, которые затрагивают их сейчас или будут влиять на них в будущем.

Трансформация структуры семьи, глобализация, изменение климата, цифровизация, массовая миграция, изменение структуры занятости и сокращение сети социального обеспечения во многих странах — все это оказывает сильное влияние на детей. Воздействие этих изменений может быть особенно разрушительным в ситуациях вооруженного конфликта и других чрезвычайных ситуаций.

Поскольку они все еще развиваются, дети особенно уязвимы — в большей степени, чем взрослые — по отношению к плохим условиям жизни, таким как бедность, неадекватное здравоохранение, питание, безопасная вода, жилье и загрязнение окружающей среды.Последствия болезней, недоедания и бедности угрожают будущему детей и, следовательно, будущему обществ, в которых они живут.

Результаты социальных исследований показывают, что ранний опыт детей значительно влияет на их будущее развитие. Ход их развития определяет их вклад или стоимость жизни в обществе.

Свобода Гонконга: что обещал Китай и как с ним бороться

Государственные законы о грудном вскармливании

содержание

Контакт

Медицинские работники и представители общественного здравоохранения пропагандируют грудное вскармливание для улучшения здоровья младенцев.

Грудное молоко приносит пользу и матери, и детям. Грудное молоко содержит антитела, защищающие младенцев от бактерий и вирусов. Дети, находящиеся на грудном вскармливании, реже страдают инфекциями уха, дыхательных и мочевыводящих путей и реже страдают диареей. Младенцы, находящиеся на исключительно грудном вскармливании, как правило, нуждаются в меньшем количестве посещений врача, рецептов и госпитализаций, что приводит к более низкой общей стоимости медицинского обслуживания по сравнению с младенцами, никогда не вскармливаемыми грудью.

Грудное вскармливание также обеспечивает долгосрочное профилактическое действие для матери, включая более раннее восстановление веса до беременности и снижение риска пременопаузального рака груди и остеопороза.По данным Центров по контролю и профилактике заболеваний, почти 84% младенцев в той или иной степени находятся на грудном вскармливании, но только около 25% младенцев находятся на исключительно грудном вскармливании в течение шести месяцев. В рамках инициативы «Здоровые люди 2030» две национальные цели заключаются в увеличении доли младенцев, находящихся на исключительно грудном вскармливании в течение шести месяцев, и младенцев, находящихся на грудном вскармливании в течение одного года, к 2030 году.

Президент Обама подписал Закон о доступном медицинском обслуживании (ACA) 30 марта 2010 года.(См. Объединенный полный текст публичных законов 111-148 и 111-152 здесь.) Среди многих положений, раздел 4207 закона вносит поправки в Закон о справедливых трудовых стандартах (FLSA) 1938 года (29 Кодекса США 207), требуя от работодателя предоставлять сотруднице разумный перерыв для сцеживания грудного молока для кормящего ребенка в течение одного года после рождения ребенка каждый раз, когда у сотрудника возникает необходимость сцеживать молоко. Работодатель не обязан компенсировать работнику, получающему разумный перерыв, любое рабочее время, потраченное для этой цели.Работодатель также должен предоставить сотруднику место, кроме ванной, для сцеживания грудного молока. Если эти требования создают неоправданные трудности, работодатель, в котором работает менее 50 сотрудников, не подчиняется этим требованиям. Федеральные требования не должны отменять закон штата, который обеспечивает большую защиту сотрудников.

Конгресс принял Закон о справедливости для кормящих матерей 2019 года в июле 2019 года. Закон требует, чтобы в некоторых общественных зданиях было защищенное гигиеническое пространство, кроме ванной комнаты, в котором есть стул, рабочая поверхность и электрическая розетка для использования членами общественное сцеживание молока.

Для доп. Информации:

Кроме того, ACA требует, чтобы новые частные планы медицинского страхования, в том числе доступные на новых рынках медицинского страхования, обеспечивали покрытие определенных профилактических медицинских услуг для женщин без разделения затрат (например, доплаты, совместного страхования или франшизы). Поддержка грудного вскармливания, принадлежности и консультирование по вопросам кормления грудью — одна из этих конкретных профилактических услуг.

Для доп. Информации:

Государственные законы о грудном вскармливании